Στόχοι του προγράμματος είναι η συστηματική έρευνα και η διαφορική διάγνωση των ΜΣΕ στα μικρά μηρυκαστικά, η εκρίζωση της διαπιστωθείσας εστίας Τρομώδους Νόσου (Κλασικής ή Άτυπης) ή ΣΕΒ, ο έλεγχος και η αποτροπή της διασποράς του αιτιολογικού παράγοντα και η αποτροπή της εισόδου του αιτιολογικού παράγοντα της ΣΕΒ στη διατροφική αλυσίδα του ανθρώπου και των ζώων

Σκοπός του Ινστιτούτου είναι η προστασία της φυτικής παραγωγής της χώρας και η τεχνική υποστήριξη του Έλληνα αγρότη μέσω των τριών βασικών πυλώνων αρμοδιοτήτων του, που είναι η Φυτοϋγεία, η Φυτοπροστασία και ο Έλεγχος των Γεωργικών Φαρμάκων ενώ βασική προτεραιότητα για τον ΕΦΕΤ είναι ο εξορθολογισμός του συστήματος ελέγχων, με στόχο τη στήριξη της παραγωγής και της διατροφικής αλυσίδας και την ενίσχυση της ασφάλειας των τροφίμων και της δημόσιας υγείας

Επιστολή του ΥπΑΑΤ, Μ. Βορίδη για τη διασφάλιση της εφοδιαστικής και διατροφικής αλυσίδας στην ΕΕ λόγω της πανδημίας του κορωνοϊού