Στο Γενικό Γραμματέα Δημόσιας Υγείας μεταβιβάστηκαν οι ακόλουθες αρμοδιότητες:
• Η Εθνική Σχολή Δημόσιας Υγείας (Ε.Σ.Δ.Υ.).
• Το Κέντρο Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων (ΚΕ.ΕΛ.Π.ΝΟ.).
• Η Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας, εκτός του Τμήματος Παραγόντων Κινδύνου και Κοινωνικών Παραγόντων για την Υγεία και Εξαρτήσεων.
• Η Διεύθυνση Στρατηγικού Σχεδιασμού.
• Το Τμήμα Αγωγής Υγείας και Πρόληψης και από το Τμήμα Δημόσιων Μονάδων Πρωτοβάθμιας,
• Η αρμοδιότητα έναρξης και λειτουργίας του Γ.Ν. Θήρας από την Α.Ε.Μ.Υ. Α.Ε.
• Η Διεύθυνση Φαρμάκων και Προϊόντων Υγείας.
Επίσης στην αρμοδιότητα του Γενικού Γραμματέα Δημόσιας Υγείας ανήκει η σύνθεση, λειτουργία και συντονισμός των συλλογικών οργάνων του Υπουργείου των Διευθύνσεων της Γενικής Διεύθυνσης Δημόσιας Υγείας και Υπηρεσιών Υγείας αρμοδιότητας του Γενικού Γραμματέα Δημόσιας Υγείας, συμπεριλαμβανομένου του Εθνικού Συμβουλίου Δημόσιας Υγείας (Ε.ΣΥ.Δ.Υ.).
• Η Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης.
• Η Διεύθυνση Ευρωπαϊκής και Διεθνούς Πολιτικής Υγείας.
• Η Μονάδα Διαμόρφωσης Πολιτικών Υγείας και Τουρισμού Υγείας.
• Ο συντονισμός του Εθνικού Κέντρου Επιχειρήσεων Υγείας (Ε.Κ.ΕΠ.Υ.) σε θέματα Δημόσιας Υγείας και η λειτουργία και εποπτεία του Υγειονομικού Χάρτη και θεμάτων τεχνικής και χρηστικής εξέλιξης του.
• Η Διεύθυνση Επαγγελματιών Υγείας, της οποίας οι αρμοδιότητες ασκούνται παράλληλα με τον Αναπληρωτή Υπουργό Υγείας.
• Από το Τμήμα Εποπτείας, Ανάπτυξης και Λειτουργίας Ε.Ο.Π.Υ.Υ. της Διεύθυνσης Πρωτοβάθμιας Φροντίδας Υγείας και Πρόληψης, τα θέματα σχετικά με την ανάπτυξη παροχών υγείας, σύναψης συμβάσεων με παρόχους και πολιτικής παροχών του Ε.Ο.Π.Υ.Υ.
• Από τη Γενική Διεύθυνση Ανθρωπίνων Πόρων και Διοικητικής Υποστήριξης, το Τμήμα Οργάνωσης Νοσοκομείων και Ιδιωτικών Κλινικών και το Τμήμα Εποπτευομένων Φορέων και Λειτουργίας Νοσοκομείων της Διεύθυνσης Ανάπτυξης Μονάδων Υγείας, αποκλειστικά όσον αφορά την αρμοδιότητα έναρξης και λειτουργίας του Γ.Ν. Θήρας από την Α.Ε.Μ.Υ. Α.Ε.
Το δικαίωμα υπογραφής με «Με εντολή Υπουργού» για τα εξής θέματα:
1. Τα ερωτήματα στο Εθνικό Συμβούλιο Δημόσιας Υγείας (Ε.ΣΥ.Δ.Υ.).
2. Τα ερωτήματα στο Κεντρικό Συμβούλιο Υγείας (ΚΕ.Σ.Υ.) για γνωμοδότηση, γενικότερης και καθοριστικής σημασίας.
3. Τα ερωτήματα στο Γραφείο Νομικού Συμβούλου.
4. Την επιβολή προστίμων για παραβάσεις των διατάξεων που αφορούν την παραγωγή και τη διακίνηση των φαρμακευτικών και καλλυντικών προϊόντων.
5. Τις πράξεις έγκρισης σκοπιμότητας δαπάνης για ποσό από 120.000 ευρώ μέχρι του ποσού των 500.000 ευρώ.
Το δικαίωμα υπογραφής με «Με εντολή Αναπληρωτή Υπουργού» για τα εξής θέματα:
1. Τα ερωτήματα στο Γραφείο Νομικού Συμβούλου.
2. Τα ερωτήματα στο Κεντρικό Συμβούλιο Υγείας (Κε.Σ.Υ.) για γνωμοδότηση γενικότερης και καθοριστικής σημασίας.
3. Τον προγραμματισμό εκπαιδευτικών προγραμμάτων.
4. Την έγκριση σύναψης συμβάσεων με παρόχους του Ε.Ο.Π.Υ.Υ.